壇ノ浦の戦いで平家が滅亡した後、源頼朝は弟の義経を追放し、奥州藤原氏を滅亡させ、更には京都に行って後白河法皇とも話をつけて万事順調に行ったように見えます。一連の戦火で燃えてしまった東大寺大仏の再建は頼朝天下取り事業の最後の総仕上げといった感があります。
しかしながら、それからほどなく頼朝は亡くなってしまいます。吾妻鏡での書かれ方が曖昧でよく分からないことが多く、落馬して川に落ちて溺死したとも、糖尿病だったとも言われます。また、北条氏陰謀論みたいな話も囁かれますが、無理からぬことと思います。
頼朝は血筋こそ素晴らしいもので、源氏の棟梁でなければ征夷大将軍になれないという慣例を築き上げることができましたが、現実的には北条氏の力に頼らざるを得ず、北条氏という実態の上に頼朝というお神輿が乗っかっていたということもできるように思います。北条氏がいなければ何もできないのです。「神輿は軽くて〇ーがいいby小沢一郎」の法則に従い、北条氏は源氏直系を次々と暗殺していきます。あまりに無惨なのでドラマとかにはかえってなりにくいように思えます。
二代目将軍の頼家は修善寺に幽閉され、高い確率で北条氏によって暗殺されています。その弟の実朝は頼家の息子の公暁によって殺され、公暁は北条氏に捕まって殺されるという、暗殺の連鎖が起きてしまっており、そのような事態の流れをコントロールしていたのが北条氏と言われています。繰り返しますが、無理からぬことです。北条氏にはやろうと思えば実行できるだけのパワーがあり、かつ、その後、北条氏の時代が続いたわけですから、後世、そのように考えられたとしても全く不思議ではないように思えます。
さて、北条氏には頼朝の妻の北条政子がいます。息子の頼家は修善寺に幽閉されている時、政子に「寂しすぎるので友達を修善寺に送ってほしい」と頼む手紙を送っていますが、政子それを無視し、代わりに刺客を送ったということになるわけですが、自分の本当の息子に対してそんなことができるのだろうかという疑問がどうしても湧いてきます。母が実家の権力のために実の息子を殺す（北条氏の他の人がそれをやったとしても、少なくとも政子はそれを黙認した）ということが本当にあり得るのだろうか。もし本当だったとすれがそれはさすがに恐ろしすぎるために、歴史が語られる場所では敢えてあまり触れられていないように見えます。
二代目将軍は放蕩が過ぎたとされていますが、はっきり言えば、放蕩くらいどうということはありません。放蕩程度なら、酒と女と遊び仲間を与えておけばいいので「軽い神輿」としていなしていくことができるはずです。梶原景時が死んで守ってくれる人がいなくなったのが彼の死の原因の一つという話もあります。
本来平氏系である北条氏が、源頼朝にベットしてその賭けに勝ったわけですが、より確実なものにするために源氏の直系を根絶やしにしたとすれば、どこかで北条政子も腹を括ったということになりますが、その辺り、全然証拠が残っていないので、推量することも不可能で、小説のように考えることしかできません。
奢れる平家は久しからずの諸行無常とはよく言われますが、源氏の歴史もまた諸行無常で、大変に暗澹たるものです。平家と源氏のご本家は滅亡したにも関わらず、源氏平家政権交代説があるように、その後も武士の時代は源氏系と平氏系の武士（含む、自称）が入れ代わり立ち代わり政権を奪い合い、「源」姓と「平」姓が使われ続けて行ったこともまた興味深いことだと思えます。
関連記事
平清盛と源頼朝の違い